在海南省设立符合条件的分支机构适用15%的企业所得税税率，位于海南自由贸易港以外的总机构不适用15%的企业所得税税率。分支机构企业所得税分配参见国家税务总局公告2012年第57号印发的《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》。

《关于海南自由贸易港企业所得税优惠政策的通知》（财税〔2020〕31号）：

一、对注册在海南自由贸易港并实质性运营的鼓励类产业企业，减按15%的税率征收企业所得税。

本条所称鼓励类产业企业，是指以海南自由贸易港鼓励类产业目录中规定的产业项目为主营业务，且其主营业务收入占企业收入总额60%以上的企业。所称实质性运营，是指企业的实际管理机构设在海南自由贸易港，并对企业生产经营、人员、账务、财产等实施实质性全面管理和控制。对不符合实质性运营的企业，不得享受优惠。

海南自由贸易港鼓励类产业目录包括《产业结构调整指导目录（2019年本）》、《鼓励外商投资产业目录（2019年版）》和海南自由贸易港新增鼓励类产业目录。上述目录在本通知执行期限内修订的，自修订版实施之日起按新版本执行。

对总机构设在海南自由贸易港的符合条件的企业，仅就其设在海南自由贸易港的总机构和分支机构的所得，适用15%税率；对总机构设在海南自由贸易港以外的企业，仅就其设在海南自由贸易港内的符合条件的分支机构的所得，适用15%税率。具体征管办法按照税务总局有关规定执行。

《关于海南自由贸易港企业所得税优惠政策有关问题的公告》（国家税务总局海南省税务局公告2020年第4号）：

 一、鼓励类产业企业减按15%税率征收企业所得税问题

（一）注册在海南自由贸易港（以下简称自贸港）并实质性运营的鼓励类产业企业，减按15%的税率征收企业所得税。本款规定所称企业包括设立在自贸港的非居民企业机构、场所。

（二）对总机构设在自贸港的企业，仅将该企业设在自贸港的总机构和分支机构（不含在自贸港以外设立的二级以下分支机构在自贸港设立的三级以下分支机构）纳入判断是否符合规定条件范围，设在自贸港以外的分支机构不纳入判断范围；对总机构设在自贸港以外的企业，仅就设在自贸港的分支机构（不含在自贸港以外设立的二级以下分支机构在自贸港设立的三级以下分支机构）判断是否符合规定条件，设在自贸港以外的总机构和分支机构不纳入判断范围。

《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》（国家税务总局公告2012年第57号印发）：

第二条  居民企业在中国境内跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市，下同）设立不具有法人资格分支机构的，该居民企业为跨地区经营汇总纳税企业（以下简称汇总纳税企业），除另有规定外，其企业所得税征收管理适用本办法。

第六条  汇总纳税企业按照《企业所得税法》规定汇总计算的企业所得税，包括预缴税款和汇算清缴应缴应退税款，50%在各分支机构间分摊，各分支机构根据分摊税款就地办理缴库或退库；50%由总机构分摊缴纳，其中25%就地办理缴库或退库，25%就地全额缴入中央国库或退库。具体的税款缴库或退库程序按照财预〔2012〕40号文件第五条等相关规定执行。

第十五条  总机构应按照上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算各分支机构分摊所得税款的比例；三级及以下分支机构，其营业收入、职工薪酬和资产总额统一计入二级分支机构；三因素的权重依次为0.35、0.35、0.30。

计算公式如下：

某分支机构分摊比例=（该分支机构营业收入／各分支机构营业收入之和）×0.35+（该分支机构职工薪酬／各分支机构职工薪酬之和）×0.35+（该分支机构资产总额／各分支机构资产总额之和）×0.30

分支机构分摊比例按上述方法一经确定后，除出现本办法第五条第（四）项和第十六条第二、三款情形外，当年不作调整。

第十八条 对于按照税收法律、法规和其他规定，总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后按本办法第六条规定的比例和按第十五条计算的分摊比例，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额，再分别按各自的适用税率计算应纳税额后加总计算出汇总纳税企业的应纳所得税总额，最后按本办法第六条规定的比例和按第十五条计算的分摊比例，向总机构和分支机构分摊就地缴纳的企业所得税款。

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